Kristiinankaupunki perustettiin 1649 Pietari Brahen toimesta edistämään merenkulkua ja kauppaa Pohjanmaan rannikolla. Kaupungin sijaintipaikaksi tuli Koppön niemi Tiukanjokisuun lahdessa Lapväärtissä. Alunperin paikkaa kutsuttiin nimellä Koppöstad. Väkiluku kasvoi aluksi hitaasti, mutta 1800-luvun loppupuolella asukkaita oli jo 3 000. Huomattava osa työikäisestä väestöstä oli siirtynyt Ruotsiin.
Kristiinankaupungin ensimmäinen puukirkko valmistui 1659, mutta se paloi salaman sytyttämänä maan tasalle. Uusi kirkko valmistui 1700. Hongasta rakennetun kirkon tyyli on mahdollisesti Ruotsin rannikolta tai Visbystä. Kristiinankaupungin uusi punatiilinen kirkko valmistui 1897. Kirkko on Jacob Ahrenbergin piirtämä. Lapväärtin, Siipyyn ja Tiukan kunnat liitettiin Kristiinankaupunkiin 1.1.1973. Lapväärtin kirkko vihittiin käyttöön 1852. Siipyyn kirkko on rakennettu 1972 vuonna 1969 palaneen edeltäjänsä paikalle. Siipyy on aiemmin kuulunut Ulvilaan, sittemmin Närpiöön ja sitten Lapväärttiin. Tiukan ja Puskamarkin kylät muodostivat 1897 Kristiinankaupungin maaseurakunnan, jolla ei kuitenkaan koskaan ollut omaa pappia ja kirkkoa.
Kristiinankaupungin suomenkielinen seurakunta perustettiin vuonna 1978. Sitä ennen suomalaisten seurakunnalliset asiat hoidettiin Luterilaisen Evankeliumiyhdistyksen toimesta. Siksi alueella on 100 vuoden ajalla yhdistyksen paikallisjaoston toimesta ollut monia rukoushuoneita. Paarmanin talon omistaja oli suomalaisuusaatteen vaalia. Hän perusti suomenkielisen lehden Suupohjan sanomat, ja suomalaisen kansakoulun.
Aina 31.12. 2005 saakka suomalainen seurakunta muodosti seurakuntayhtymän kolmen ruotsinkielisen seurakunnan: Kristinestads svenska församlingin, Lappfjärds församlingin ja Sideby församlingin kanssa. Edellämainitut seurakunnat lakkautettiin 1.1.2006 ja niistä muodostui Kristinestads svenska församling, jonka kanssa Kristiinankaupungin suomalainen seurakunta muodostaa nyt seurakuntayhtymän.